回答这个问题之前，先解释一下小规模纳税人和一般纳税人区别。

1.从税法定义上来看，两者之间的区别在于能否建立健全的财务制度，一般情况下，只要财务制度健全就可以申请成为一般纳税人；要是财务制度不健全，即使成为一般纳税人，也不能享受一般纳税人才有的“进项税额抵扣”。另外国家对一般纳税人认定采取强制认定，只要连续12个月销售额达到500万，就必须进行一般纳税人认定。

2.从增值税的计税方法和原理上来看，一般纳税人可以抵扣进项税额，其采用一般计税方法：当期应纳增值税税额=当期销项税额-当期进项税额；小规模纳税不可以抵扣进项税额，其采用简易计税方法：当期应纳增值税额=当期销售额×征收率。

3.从发票开具和使用上来看，增值税一般纳税人可以开具增值税专用发票；一般情况下小规模纳税人不得开具增值税专用发票。但是，小规模纳税人当需要用到专用发票时，可以至税务机关申请代开，代开时需要当场缴纳发票上面的税金。另外，根据最新规定，建筑业、鉴证咨询业、住宿业等小规模纳税人也可以自行开具专用发票。

了解这些以后，答案就出来了。公司能否抵扣，在于能否从合作伙伴处取得专用发票。因此有以下建议：

1.和合作伙伴进行沟通，要求其开具增值税专用发票。但这很可能增加合作企业税款，按照现行增值税优惠增税，小规模纳税人每个季度销售额9万以下是免征增值税，但若合作伙伴季度销售额在9万以下，却代开了增值税专用发票，其仍然需要就代开部分纳税；若其每个季度销售额在9万以上则不会增加税款。

2.建议合作伙伴进行一般纳税人认定，领取和自行开具增值税专用发票。营业税改征增值税后，企业能够取得进项发票范围更广，可以抵扣的范围也更多，对于很多企业来说，税负会更低。